近十几年来，特种水产养殖逐渐成为社会水产品供给的主要模式。而特种水产养殖品种的生长又特别依赖于高蛋白水产饲料发展，特别是鱼粉具有必需氨基酸和脂肪酸含量高，碳水化合物含量低,适口性好，抗营养因子少以及能够被养殖动物很好的消化吸收等特点，一直以来是水产饲料中不可或缺的优质蛋白源。但随着鱼粉价格的升高，为了达到特种水产品的营养需求，植物性蛋白和动物性蛋白成为替代鱼粉的主要方式，但同时也对鱼类的健康与水质环境造成了一定的危害。
1影响生长性能目前，特种水产养殖动物如鲈鱼、*颡、鳜鱼、南美白对虾等主要为杂食性或肉食性鱼类，其生长过程中对饲料中鱼粉的依赖特别大，但若是使用植物性蛋白对鱼粉进行替代，由于食物味道及气味的改变，植物蛋白饲料适口性变差，鱼类摄食率降低，导致鱼类生长缓慢，饵料系数升高。同时大多植物蛋白中含有抗营养因子，如：胰蛋白酶抑制因子、红细胞凝集素、植酸、棉酚、环丙烯脂肪酸、硫葡萄糖苷、芥子酸、*曲霉素和硫胺素酶等，这些抗营养因子在肠道内不能被很好的消化吸收，导致生长性能下降。研究表明，饲料中添加植物蛋白豆粕超过20%-30%时，虹鳟、大西洋鲑、牙鲆等水产养殖动物的生长性能下降和饵料系数上升，当饲料中添加棉籽粕替代鱼粉超过30%时，由于菜籽粕中抗营养因子芥子油的存在，大菱鲆，虹鳟、大西洋鲑、斑点叉尾鮰等高蛋白日粮养殖品种的生长均受到抑制。与鱼粉相比，植物蛋白中缺乏赖氨酸、蛋氨酸等限制性氨基酸，导致氨基酸营养不均衡，造成木桶效应，影响水产养殖动物的生长。
2对肠道造成损伤肠道是水产养殖动物的营养吸收重要基础，因此肠道粘膜的正常结构与功能对于营养物质的消化吸收极其重要。但由于饲料当中使用其他蛋白替代鱼粉，需要调整饲料工艺以保证饲料颗粒的硬度，当饲料颗粒过硬时，鱼类摄食后再肠道内不能及时消化，反而会对肠道表面造成划伤等机械性的损伤。尤其是当饲料中存在的抗营养因子不能被加热降解时，如大豆中的大豆球蛋白会对养殖动物肠道造成超敏反应，引起动物肠道过敏及炎症反应，导致肠粘膜损伤加大，液泡种类和数量上升，亚粘膜炎症反应的增加。肠道中有着大量的微生物的存在，当高蛋白日粮中的寡糖类等抗营养因子不能被很好地消化吸收时，就会在肠道内积累并粘液化，形成适宜致病菌的肠道环境，导致肠道稳态被打破，引发肠道炎症。在前期，氨基酸主要用于鱼类生长蛋白质的合成，鱼类，尤其是肉食性鱼类对于限制性氨基酸非常敏感，当随着替代水平的不断提高，肠道不能很好地吸收营养，也是造成生长性能下降的原因。
3对肝脏造成损伤肝脏是水产养殖动物最大的免疫器官，在机体内多种有害物质需要通过肝脏分解，从而将代谢产物转化为尿素排出体外，肝脏一旦损伤或病变往往会引起鱼类营养代谢失调，免疫系统紊乱，抗病力下降，并极易引发其他继发性疾病的暴发，引起鱼类的大量死亡。饲料当中营养搭配不合理常常会引发肝脏疾病的发生，如饲料中花生粕的存在，可能会引起饲料的霉变，当
鱼类摄食此类饲料时，*曲霉*素就会对肝脏造成损伤，同时当饲料当中蛋白质含量过高时，肝脏消化负担增大，同时诱发脂肪积累，破坏肝脏组织形态，引发肝脏疾病。研究表明，当使用植物蛋白替代鱼粉时，会诱发肝脏氧化应激反应，以避免机体受到氧化自由基的伤害，随着替代量的逐渐增加，抗氧化保护机制中的抗氧化酶等活性低于鱼粉组，同时机体中天冬氨酸转氨酶（GOT）和丙氨酸氨基转移酶（GPT）升高，说明肝细胞被破坏，肝脏功能受损。
肠道和肝脏之间有一条非常重要的双向交流通路，叫“肠肝轴”。简单地说，就是物质在肠道和肝脏之间来回往复的通路，是一种可以互相影响的“轴”。也就是说肝脏可以影响肠道，反过来肠道又可以来影响肝脏。肠道存在着肠道屏障作用，是外来有害物质入侵机体的第一道“防线”，当肠道屏障功能受损时，肠道粘膜通透性增加，导致外来有害物质进入血液循环，到达肝脏，从而导致肝脏炎症的发生。而当肝脏发生病变时，肝脏造血功能被破坏，从而导致肠道血流量减少，引起肠道失血性坏死，且水产养殖动物一旦形成肝损伤，其血管就容易破裂，血液难以凝固，一旦受到应激性刺激将发生应激性出血综合症，死亡率极高，给生产造成巨大损失。同时由于肝脏同时肩负消化、代谢、排泄、解*及免疫等多种功能，来自外界事物的营养物质需要在肝内进行合成、分解、转化、贮存，因此当肝脏受损时，肠道内物质的消化吸收就会受到影响。
4污染水质环境水产养殖动物生活在水体当中，水体环境的变化影响着水产养殖动物的健康问题。当饲料中蛋白质含量过高时，肝脏将蛋白质转化为尿素排除体外，同时由于植物蛋白的添加使得饲料适口性差，水体中残饵量增加，或由于饲料当中抗营养因子的存在，导致饲料消化率不高，粪便当中蛋白质含量较高，在水中微生物的作用下，氨氮和亚硝酸盐含量增加，当亚硝酸盐被鱼类吸收后，与血红蛋白结合生成高铁血红蛋白，失去带氧能力，造成养殖动物食欲降低，抗病力减弱，严重时会诱发出血病，甚至大量死亡。而当水中氨氮含量超标时，会妨碍水生动物体内氨的排泄，腐蚀鱼体鳃组织，严重时使深层组织受损，造成鱼呼吸困难，直至窒息死亡。同时非离子氨也会损害鱼体的肝肾组织，使得“肠肝轴”功能减退，饲料不能被很好的消化吸收，甚至导致养殖动物不摄食，再次导致水体当中氨氮、亚硝酸盐的升高，形成恶性循环，引发养殖动物的大规模死亡，造成经济损失。
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