儿童呼吸道感染的病原体复杂多样，包括病毒、细菌、非典型病原体、真菌等。快速准确的病原学诊断对于呼吸道常见感染性疾病的临床诊疗及防控具有重要意义。《中华实用儿科临床杂志》发表了《儿童呼吸道感染病原体核酸检测专家共识》，以指导儿童呼吸道感染病原体的核酸检测，整体提升儿童呼吸道感染病原体诊断能力。
一、呼吸道病原体核酸检测办法
病原体基因组序列依赖性核酸检测方法：是根据一直的病原体基因组序列，设计特异性引物，靶向性地进行病原体核酸扩增和检测的方法，如常规的聚合酶链反应（PCR）。
病原体基因组序列非依赖性核酸检验方法：不需要根据病原体基因组序列设计特异性引物，而是对样本中的病原体序列进行高通量测序，将获得的序列于数据库中序列进行对比分析而确定病原体的方法，如mNGS。在病因不明且病情危重需尽快明确病原体、疑似新发或特殊病原体感染、传统微生物检测技术多次阴性且治疗效果不佳等情况下，可以在常规病原检测的同时或在其基础上对样品进行mNGS分析，以高效获取感染病原体的信息。
二、呼吸道病原体核酸检测适用的人群推荐
急诊及住院患儿
对有急诊适应症及所有因急性呼吸道感染性疾病住院、住院期间新出现呼吸道感染症状（伴或不伴发热）、或出现不明原因的呼吸窘迫、慢性心肺疾病恶化、血液病、肿瘤患儿出现中性粒细胞减少/缺乏伴发热的，应根据年龄、临床特征和发病季节等，推荐选择核酸检测方法进行病原学诊断，若鉴别诊断需要可采取多重核酸检测。
有急性呼吸道感染的危重症患儿，建议首选多重核酸检测。若常规核酸检测不能明确病原，推荐采用mNGS进行病原学检测。
门诊患儿
急性上呼吸道感染：一般不常规进行呼吸道病原体的核酸检测，但对于有特异性抗病毒药物的病毒感染，如流感病毒，可视条件或在其他检测方法不能明确诊断时，使用核酸检测，有利于抗病毒药物和合理应用。
急性下呼吸道感染或有心肺等重要脏器的基础疾病、免疫功能异常的急性呼吸道感染患儿，建议根据患儿年龄、临床特征和发病季节等及时选用可疑病原的核酸检测方法进行病原学确定，尽快明确病原体，有助于患儿治疗方案的确定和后续管理。
三、病原体核酸检测的推荐标本类型及选择
四、儿童呼吸道感染病原学种类
常见呼吸道病毒及新发再发病毒：人呼吸道合胞病毒(HRSV)、人流感病毒(HIFV)、人副流感病毒(HPIVs)、人鼻病毒(HRV)、人腺病毒(HAdV)、人偏肺病毒(HMPV)、人冠状病毒(HCoV)、普通HCoV、高致病性冠状病毒、人博卡病毒(HBoV)、人肠道病毒(HEV)。
常见细菌：引起儿童呼吸道感染的常见细菌有A族链球菌、肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、流感嗜血杆菌、百日咳鲍特菌、大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、结核分枝杆菌、铜绿假单胞菌等。这些常见细菌性呼吸道感染季节性并不明显，可能多见于季节变换的时期。
非典型病原体：儿童呼吸道感染的非典型病原体主要包括肺炎支原体（Mycoplasmapneumoniae，MP）、肺炎衣原体（Chlamydiapneumonia，CP）、沙眼衣原体（Chlamydiatrachomatis）及嗜肺军团菌（Legionellapneumophila，LP）。主要真菌（Fungi)：真菌是一种具有真核、能产孢、无叶绿体的真核生物。目前儿童呼吸道真菌感染的常见种类为假丝酵母菌属（Candida）、荚膜组织胞浆菌（Histoplasmacapsulatum）、皮炎芽生菌（Blastomycesdermatitidis）、球孢子菌属（Coccidioides）、曲霉菌（Aspergillus）和新型隐球菌（Cryptococcusneoformans）等。真菌侵袭性感染常见于免疫功能受损时，尤其是各种免疫功能缺陷病、中立性细胞减少、接受长期免疫抑制治疗及人类免疫缺陷病毒（HIV）感染的儿童；某些特殊情况下，如糖尿病酮症酸中毒患者的血清可刺激毛霉菌的生长。呼吸道真菌感染无明显季节特点。
由于全球气候变化和人类活动范围的扩大，真菌感染的流行病学也在发生变化。组织胞浆菌病和球孢子菌病在北美比较多见，芽生菌病和孢子丝菌病在北美和世界其他地区引起散发性病例，东南亚地区马尔尼菲青霉菌(Penicilliummarneffei)病在免疫缺陷综合症）患儿中比较常见，而在南美洲，副求孢子菌经常引起皮肤和骨关节感染。
五、报告解读
由于呼吸道中广泛存在定植微生物，为提高解读准确性，在mNGS检出序列数和覆盖度的基础上，应结合采集样本类型、采样位置、患儿的临床特征、基于传统技术检测的病原体和辅助检查报告，综合判断致病菌、定植菌和背景菌。报告解读中尤其需要重点