01诊断
胃肠炎通常根据症状即可诊断，但具体病因往往不容易明确。临床诊断过程需要先进性细致的病史调查以及全面的理学检查，以确定鉴别诊断列表，再进行相关实验室及影像学检查确定病因。部分病因甚至需要进行治疗性诊断。
实验室检查
血液检查：血常规、C反应蛋白、电解质、血气、生化分析。血常规可以检查犬猫是否出现贫血、炎症、白细胞下降、血小板异常；血气、电解质、生化分析可以判断是否存在严重的蛋白丢失、电解质紊乱、酸碱紊乱、低血糖等。
粪便检查：粪便寄生虫检查、粪便细胞学检查、粪便细菌培养、粪便ELISA（酶联免疫吸附测定）、IFA（免疫荧光法）、PCR检查（聚合酶链反应）。粪便寄生虫检查可以通过粪便漂浮法检查，也可通过粪便ELISA、PCR检查。粪便细胞学检查可以发现病原微生物、炎性细胞等。粪便ELISA、PCR检查对于病毒感染诊断的特异性强、敏感度高，但依然可能存在漏诊，因为在病毒感染出现症状的最初24-48h，机体可能并不排毒或者排毒量少，可能存在检查结果阴性，如果强烈怀疑该病原感染，可以在1-2d后复查。
影像学检查
X线检查、X线造影检查、超声检查；腹部X线平片检查特别有助于诊断不透射线的异物，以及梗阻、异物或团块引起的消化道扩张，但对于胃肠黏膜炎症无明确诊断意义。X线造影检查可以判断胃肠黏膜糜烂、溃疡、增生造成的梗阻等，但不如内窥镜检查敏感。
超声检查可与X线检查相结合，或代替X线检查，但其检查结果和操作者水平密切相关，常用于诊断胰腺炎、胃肠道浸润性病变和肠套叠等。
其他特殊检查
内窥镜检查、组织病理学检查等。
胃肠内窥镜检查和组织病理学检查在诊断胃及十二指肠黏膜溃疡、糜烂、肿瘤及炎性病变时，敏感性及特异性较高。直肠镜检查或结肠镜检查适用于对饮食疗法、抗生素疗法或驱虫疗法无效的慢性大肠性疾病的犬猫，也同样适用于体重下降或低白蛋白血症的犬猫。
组织病理学检查可以发现一些特定病原感染，以及判断是否存在肿瘤和IBD。在使用内窥镜检查时同时进行病理取样，但内窥镜取样所获得的这些组织样本由于不够深，如果不能为黏膜疾病的诊断提供充足的证据，这就需要进行开腹手术进行全层活检取样。
02治疗
胃肠炎的治疗依据病因和症状不同，所选择治疗方案也有所差异。通常可采用的治疗方案包括饮食管理、液体疗法、抗炎治疗、黏膜保护治疗、对症治疗等。
急性胃肠炎初始出现症状时应禁食，部分成年犬猫可能禁食后自愈，如果持续存在胃肠炎症状，需要及时就诊查明病因进行对因和对症治疗。如果呕吐或腹泻持续时间较长或有严重脱水，有必要进行液体疗法，使用止吐药和黏膜保护用药。对于病毒感染所致的胃肠炎，需要特异性抗病毒治疗（单克隆抗体、干扰素等），但因为病毒会造成胃肠黏膜溃疡和出血，易并发细菌败血感染，所以抗生素治疗也非常有必要。寄生虫感染所致胃肠炎依据寄生虫种类需使用特异性抗寄生虫药物，如果引起的胃肠炎症症状较重，需要对症使用其他治疗方案。炎性肠病IBD的治疗起初常使用排除性饮食疗法（新蛋白或水解蛋白）及驱虫治疗和抗菌治疗。一些对饮食疗法或抗生素疗法无效或病情较严重动物常常需要使用皮质类固醇治疗，如果胃肠炎症状比较严重，尤其是与低蛋白血症有关，则需要使用免疫抑制疗法（如硫唑嘌呤、苯丁酸氮芥或环孢素）。针对胃肠炎症状常用药物包括：
止吐剂：马罗匹坦、昂丹司琼、盐酸甲氧氯普胺等。黏膜保护药：硫糖铝、蒙脱石、高岭土、铝碳酸镁制剂等。
抗酸药物：包括H2受体阻断剂西米替丁、雷尼替丁、法莫替丁等，质子泵抑制剂奥美拉唑、兰索拉唑等。