一般认为小肠的发病率较低，检查手段麻烦而且费用较高，所以很少有人体检中做小肠检查。但是如果小肠发病的临床症状比较明显时，如疑似小肠间质瘤、小肠淋巴瘤、小肠梗阻、小肠克罗恩病、小肠结核、美克尔憩室、小肠吸收不良综合征、小肠不明原因的出血等，就得需要要做小肠检查。如钡歺造影、小肠内镜检查、胶囊内镜检查、小肠CT检查等。
1，小肠钡餐造影:通过钡剂的在小肠的充盈和通过情况来判断小肠的憩室、梗阻、肿瘤、狭窄及激惹等相关疾病。
2，小肠镜:检查范围是远端十二指肠和空肠和回肠。小肠镜包括推进式小肠镜、探针式结肠镜、术中小肠镜、双气囊小肠镜、单气囊小肠镜。通过不同的小肠镜可以观察到小肠病变。
13，胶囊内镜:可在小肠内拍到的影片转换为数字信号传到接受器，医生根据图像的信息来判断小肠各个部位的疾病。
4，小肠增强CT:通过CT检查有助于明确小肠壁有否增粗增厚，强化情况及肠系膜有否增粗、迂曲、脂肪改变等对小肠肿瘤、结核、克罗恩病等均可有一定的帮助。