病变局限在结肠的克罗恩病须与溃疡性结肠炎鉴别，鉴别要点：（1）临床上，克罗恩病更多表现为腹痛腹泻，溃疡性结肠炎更多表现为粘液脓血便；（2）内镜下，溃疡性结肠炎的病变从肛端直肠开始逆行向近端扩展，病变呈连续性和弥漫性，极少数病例可见回肠末端数厘米内黏膜炎症改变但无溃疡形成。如见直肠不受累的结肠病变、病变肠段间有正常黏膜的肠段（非连续性）、纵行溃疡间有正常黏膜（非弥漫性）则为克罗恩病特征。（3）合并症：复杂肛周病变、瘘和腹腔脓肿往往见于克罗恩病，肠腔明显狭窄多见于克罗恩病。（4）病理上，活检如见非干酪性肉芽肿支持克罗恩病诊断。然而，即使仔细鉴别，仍有少部分（西方文献报道10%）结肠IBD无论结肠镜及活检组织学所见仍无法肯定分类，对上消化道及小肠进行仔细检查亦未发现病变，此时临床可诊断为IBD类型待定（IBDU）。而未定型结肠炎（IC）指结肠切除术后病理检查同时具备克罗恩病及溃疡性结肠炎。